Theo báo cáo của GS.TS Lê Quốc Hùng (Viện Hoá học - Viện Khoa học và Công nghệ VN), từ năm 1996, viện đã tiến hành đánh giá chất lượng nước trên sông Thị Vải và các sông lân cận bằng kỹ thuật đo liên tục tự động vào các thời điểm nhất định. Kết quả đo cho thấy, khoảng 3 năm sau khi Vedan bắt đầu hoạt động, nước sông Thị Vải đã bị ô nhiễm đáng kể. Mức độ ô nhiễm tăng dần và đạt tới cực điểm vào cuối năm 2008.
Báo cáo kỹ thuật của Viện Môi trường và Tài nguyên (MTTN) - Đại học Quốc gia TP.Hồ Chí Minh cho thấy, phạm vi gây ô nhiễm nặng của Vendan từ 4,5km thượng lưu tới 5,5 km hạ lưu; Vedan “đóng góp” 89% tải lượng ô nhiễm.
Ông Yang Kun Hsiang, Phó Chủ tịch Hội đồng quản trị, TGĐ Cty Vedan thống nhất kết luận phạm vi gây ô nhiễm của Vedan trên sông Thị Vải, nhưng chưa nhất trí tỉ lệ 89% trách nhiệm gây ô nhiễm như kết luận của các nhà khoa học Viện MTTN đưa ra.
Cuộc họp đã xác định: Sau khi vi phạm của Cty Vedan bị phát hiện và ngăn chặn, đến nay chất lượng nước sông Thị Vải đã được cải thiện rõ rệt. Chất lượng nước dòng chính và sông nhánh của sông Thị Vải khá tốt, nồng độ oxy hòa tan (DO) trong nước bảo đảm tiêu chuẩn cho phép dao động từ 4,5mg/l đến trên 8mg/l (đo liên tục dọc tuyến sông Thị Vải ngày 3-4.11.2009) và có xu hướng tăng dần từ thượng nguồn đến vùng cửa sông (Cái Mép), các thông số lý hoá của nước và trầm tích khác đảm bảo tiêu chuẩn cho phép đối với nước mặt sử dụng cho mục đích bảo vệ thủy sinh; không còn các đoạn sông ô nhiễm, “sông chết” như trước đây.
Đoạn nhánh sông ở phía thượng nguồn (Nhơn Trạch) hiện vẫn bị ô nhiễm (DO từ 1-4,5mg/l) do nước thải của các cơ sở và khu công nghiệp (đã được xử lý nhưng một số chưa đạt tiêu chuẩn cho phép). Như vậy, hoạt động công nghiệp của thượng nguồn không ảnh hưởng đến chất lượng nước dòng chính của sông Thị Vải. Kết quả nghiên cứu, điều tra, khảo sát xác định phạm vi, mức độ ô nhiễm và ảnh hưởng đến môi trường do hành vi gây ô nhiễm trên sông Thị Vải của Cty Vedan VN gây ra đã được Viện MTTN phối hợp với các cơ quan liên quan xác định cụ thể.
Cty Vedan thừa nhận đã từng gây ô nhiễm nặng dòng chính của sông Thị Vải khoảng 10 - 11km. Việc xác định phạm vi ô nhiễm của Cty Vedan gây ra đối với các nhánh và các khu vực có liên quan, Cty Vedan tiếp tục phối hợp với Viện MTTN để làm rõ và xác định cụ thể.
Về mức độ ô nhiễm và ảnh hưởng đến môi trường do hành vi gây ô nhiễm sông Thị Vải: Kết quả đánh giá của Viện MTTN đã được Tổng cục Môi trường và các tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, Đồng Nai, TP.Hồ Chí Minh thống nhất Cty Vedan đóng góp khoảng 89% ô nhiễm trong phạm vi đã được xác định. Tuy nhiên Cty Vedan chưa đồng ý về đánh giá nêu trên và đề nghị sẽ tiếp tục làm việc với Viện MTTN, các cơ quan có liên quan xác định mức độ đóng góp ô nhiễm cụ thể. Kết quả sẽ được báo cáo Tổng cục Môi trường và UBND các tỉnh, thành phố liên quan để thống nhất.
Được biết, trên cơ sở kết quả nghiên cứu của các cơ quan nghiên cứu khoa học liên quan, các thành viên tham dự cuộc họp đề nghị Bộ TNMT sớm công bố kết quả xác định phạm vi, mức độ ô nhiễm và ảnh hưởng đến môi trường do hành vi gây ô nhiễm sông Thị Vải của Cty Vedan gây ra, để UBND các tỉnh liên quan chỉ đạo các sở, ban ngành, UBND các huyện xã có liên quan thống kê thiệt hại về kinh tế và môi trường để yêu cầu Cty Vedan bồi thường thiệt hại hoặc hỗ trợ người dân bị thiệt hại theo quy định của pháp luật.